Sobre la fecha de la fundación de la Hermandad nos situamos en el último tercio del siglo XIII. Con motivo de la reconquista de Lebrixa a los árabes el 21 de Marzo de 1253, día de San Benito, por el rey cristiano Alfonso X de Toledo llamado "El Sabio".

       La repoblación de Lebrija la realizaron los diecisiete caballeros hidalgos siguientes: Juan Martínez de Cala, Diego Jarana, Alonso Tejero de Hinojosa (ascendientes de Elio Antonio de Nebrija), Pedro Sánchez Monge, Antón Ramírez,  Diego García del Ojo, Pedro Rodríguez de Arriaza, Pedro Sánchez del Puerto, Miguel Dorantes de la Sierra, Francisco Benítez, Pedro Jaguaco, Juan García Requena, Diego Peláez, Pedro López de Quintanilla, Alonso Hernández, Antón Salmerón y Antón Gómez.

       Fue justamente la oposición de la "Santa Cruz" a la "Media Luna" del Islam el símbolo más elemental de aquella secular contienda. Ya que "Vera-Cruz" significa "Cruz-Verdadera", fueron fundadas las Hermandades de la Vera-Cruz por la orden Franciscana, como el Rey Alfonso X, hijo del Rey Fernando III, llamado "El Santo", mandó en todos los territorios reconquistados, y entre ellos, la ciudad de Lebrija.

       A partir de esta fecha ya no tenemos más conocimientos de la Hermandad hasta el año de Nuestro Señor de 1557, cuando D. Pedro Domínguez de Jarana, dona un solar a la Hermandad de la Vera-Cruz, esquina a las calles Tetuán y Cala de Vargas, para la construcción de una capilla para la Hermandad mencionada y la bendición de la misma, como lo acreditan los escritos que se encuentran en los archivos del Arzobispado de Sevilla que literalmente transcribimos:

       "En Lebrija, Villa de la muy Noble e muy Leal Ciudad de Sevilla, en jueves nueve días del mes de septiembre entre las cuatro e cinco como de la mañana poco mas o menos año del Señor del mil e quinientos e cincuenta y siete años, estando en la iglesia de la Vera-Cruz de esta dicha Villa, del título del Señor San Juan de Letrán  de Roma, el Señor Obispo D. Dionisio de Ávila, queriendo bendecir la dicha Iglesia y Cementerio de ella, y un pedazo de la calle empedrada junto a la pared de dicha Iglesia como una vara de medir, pareció ante mí, Diego García Zancarrón, escribano público y del cabildo de dicha Villa de Lebrija y Alonso García Peón vecino de esta villa, Mayordomo que es de la cofradía de la Vera-Cruz e Iglesia, ha pedido a mi el dicho escribano que diese por fe de como el dicho Señor Obispo quería bendecir la dicha Iglesia e Cementerio e calle.

       E luego el dicho Señor Obispo comenzó a bendecir la Iglesia e Cementerio y calle y yendo todos vestidos e con oraciones echando agua bendita que en tal caso se requiere, y habiendo el Señor Obispo acabado de bendecir la dicha Iglesia e Cementerio de ella, e acabado el dicho Obispo de bendecir e Cementerio de ella, por donde va señalado el dicho Cementerio el dicho Alonso García Peón en el dicho nombre me pidió le diese por fe cuantas varas de medir había en el dicho Cementerio así de frente como árboles.

       E luego Juan de Zamora, pregonero del Consejo de esta Villa, tomó una vara de medir paño e midió el dicho Cementerio, en que había de frente hacia la calle diez varas y media y en cada vara árbol nueve varas, que es a los calzos y es la dicha empedrada arrimada a la pared de dicha Iglesia hay una vara de medir.

       E yo el dicho escribano doy fe como todo los susodicho vi que el dicho Señor Obispo bendijo la dicha Iglesia e Cementerio según e de la manera que dicho es lo di todo firmado e signado según que ante mi pasó que es hecho e pasó en el día e mes e año susodicho Pedro Vidal e Juan Muñoz e Luís de Ortega e Alonso Halcón e Alonso Liñan e Antonio Benítez Espartero e Pedro Sánchez Galán e Bartolomé Martín Calderón e Juan Rodríguez Monge e otros muchos vecinos de esta villa. Diego García Zancarrón escribano publico e del Cabildo".

       En el año 1576, D. Juan Monge de Cala y Dña. Catalina de Jarana, su mujer, y sus hermanos, donan una parte de los corrales de su casa, para la ampliación de la Capilla, como literalmente transcribimos:

       "En la Villa de Lebrija domingo veinte y cinco dias del mes de agosto del año de Nuestro Señor del mil quinientos y setenta y seia años. Ante Francisco de Vargas escribano público se presenta D. Juan Monge de Cala y Dña. Catalina de Jarana, su mujer, otorgaron escritura de donación a favor de la hermandad de la Santa Vera-Cruz de esta Villa, y sus hermanos, por lo cual le donaron para siempre jamás, un pedazo de sitio de sus corrales de su casa, como de ancho de dos varas de medir tomando desde el arco que está hecho para la Capilla del Stmo. Cristo Crucificado de la Vera-Cruz, ladrillo y medio, y todo el demás ancho hasta confinar con la casa de Hernán López, con el cargo, que en cada año para siempre jamás, esta Cofradía les había de decir, una misa rezada a honor y reverencia de la Santa Vera-Cruz de Nuestro Señor Jesucristo por sus Ánimas, en el día de la Cruz de Mayo, o en su octava, y el capellán que fuese de dicha Cofradía, ha de salir con responso y agua bendita, sobre la sepultura, y entierro de los dichos Juan Monge de Cala y Catalina de Jarana, su mujer que ha de ser en la capilla, que se hiciese en este referido sitio, en donde después de labrada la Capilla, han de tener su entierro los dichos donadores, sus hijos, nietos y los referidos quisiesen bobedar dicha capilla, para el entierro y sepultura, lo ha de hacer a su costa, sin que se le pueda estorbar, porque en cuanto a esto, quedó a escogencia de los dichos Juan Monge de Cala, su mujer y deudos y enterrar en dicha capilla, a quienes quisiesen, y no más. Y con condición que si los susodichos, quisiesen hacer alguna pared junto a las paredes, y Cementerio de dicha Ermita, la pueden hacer.

       Y con condición que si dicha Cofradía quisiese hacer tejado a dicha capilla los susodichos han de recibir las aguas lluvias una cuarta parte porque las demás han de salir por el callejón que esta hecho, por junto las paredes de dicha Ermita, y por libres de todo tributo, más que tan solamente esta misa rezada perpetua y esta escritura de donación fue aceptada por el Hermano Mayor, y demás Cofrades, y se obligaron a lo susodicho y otras cosas que todas largamente constan de dicha escritura de donación".

       En este trozo de terreno se hizo la capilla del Señor de San Juan de Letrán que está en dicho sitio labrada.

       Esta Ermita, desde su edificación, fue dedicada a la "Cofradía del Santísimo Cristo de la Vera-Cruz", que ya en 1621 salía en procesión el Jueves Santo.

       En la regla que se conserva de 1783 aparece con el nombre de "Santísimo Cristo de la Vera-Cruz y María Santísima de Consolación".